מערכת המיסוי בישראל מורכבת ממסים ישירים ועקיפים. המיסוי הישיר כולל מס הכנסה, מס חברות ומס רווחי הון. מס הכנסה מתאפיין בפרוגרסיביות, כלומר, שיעור המס עולה ככל שההכנסה גבוהה יותר. מס החברות, שנמצא סביב 23%, מהווה מקור מרכזי להכנסות המדינה אך גם מעורר דיונים על השפעתו על תחרותיות המשק.
המיסוי העקיף בישראל, ובראשו מס ערך מוסף (מע"מ), מהווה חלק משמעותי מהכנסות המדינה. המע"מ, העומד כיום על 17%, הוא מס אחיד המוטל על מרבית המוצרים והשירותים. למרות יתרונו הפשטני, הוא מעמיס יותר על משקי בית בעלי הכנסה נמוכה, שכן שיעור גבוה מהכנסתם מופנה לצריכה.
אחד האתגרים המרכזיים של מערכת המס הוא צמצום הכלכלה השחורה. תופעה זו מערערת את השוויון בנטל המס ומביאה לאובדן הכנסות משמעותי למדינה. ישראל משקיעה בשנים האחרונות במודרניזציה של מערכות האכיפה ובפיתוח טכנולוגיות לאיתור העלמות מס, אך האתגר נותר מורכב.
כמו כן, ישנו פער בנוגע להיבט הבינלאומי של המיסוי. ישראל, כחלק מכלכלה גלובלית, מתמודדת עם סוגיות הקשורות לתכנון מס אגרסיבי של חברות רב-לאומיות. שיתופי פעולה בינלאומיים, כמו אלה הנובעים מהסכמי ה-OECD, מסייעים בהגברת השקיפות ובהבטחת גביית מסים צודקת.
המיסוי המקומי, הכולל את הארנונה, מעורר ביקורת על שיטת החישוב שלו, שאינה משקפת את יכולת התשלום של משקי הבית. למרות חשיבות הארנונה כמקור הכנסה לרשויות המקומיות, יש קריאות לרפורמה שתיצור איזון טוב יותר בין צורכי הרשויות להוגנות כלפי התושבים.
מערכת המס בישראל, אם כן, פועלת בתוך מתח שבין גיוס הכנסות ביעילות לשמירה על צדק חברתי וכלכלי. על אף השיפורים שהוכנסו בשנים האחרונות, האתגרים המרכזיים דורשים טיפול עומק כדי להבטיח מיסוי הוגן ומאוזן יותר.